《影子武士》中的故事是发生在日本战国时代武田家的事。武田家由武田信玄而兴起，也最终因武田信玄的死而没落。故事开始于武田家与织田-德川联军作战时，武田信玄急死于军中。一时间战争形势急转直下，先前优势的武田军忽然面临着家族分裂，军心大乱的危机。在危难关头，几个家臣秘密找出一名面容酷似武田信玄的盗贼假装信玄以稳定军心，顺利退兵，并震慑住虎视眈眈的织田、德川、上杉、北条等豪强大名。按日本战国的习惯，这个模仿者被称为影子武士。这样的状况维持了三年（影片中是三年）之久。三年之后影子武士的事，首先在家族中被揭露出来，引发了信玄之子武田胜赖全面夺取家中军政大权，成为当主；并违背信玄遗训领兵出征。结果被织田信长以三段式铁炮射击加马栅栏战术击溃，全军覆没。武田家精锐付之一炬，从此没落。

序幕，小全景，三个穿着一样、长相相近的男人坐在各自的位置上，居中者是战国三雄之首的武田信玄，左侧是他的弟弟，右侧前景，则是他弟弟刚刚从死刑场物色来做哥哥替身的影武者。黑泽明用一个长达6分多钟的长镜头，一气呵成地将三个人的背景、关系以及各自的鲜明性格展现得淋漓尽致。

天正元年，武田信玄攻打德川军的野田城，月夜，他在围城外聆听城内的笛声，受狙击而负重伤。为稳定军心，他留下遗言，命三年内严守他已不在人世的真相，而后归天。身为窃贼的影武者肩负起扮演武田主公的重任，他从断然拒绝到主动请命，从嘻笑无形到如主公附身，他令武田家人及敌手坚信他就是武田信玄，帮助武田军闯过道道难关，然而，三年将至，信玄死去的消息终被曝光，影武者也从气势如虹的主公瞬间沦为被放逐的一介草民。